热爱自由的高中生·纳村不道转学到了爱地共生学园，其校中正实行由武装起来的女生们对男生的冷血支配。纳村刚一转学，就被统率学园的天下五剑之一、使用鹿岛神传直心影流的「鬼瓦轮」盯上，并作为肃清对象被卷入了对决之中…以“无刀”反抗武装少女们的纳村不道会有怎样的命运！？此外，似乎与他有着因缘、谜团重重的女帝·天羽斩斩的秘密又是什么呢！？

良家子女聚集的名门学校，私立百花王学园。君临这所被赌博所支配的学园顶点的是，支配弱者的人生、甚至对政界财界都拥有影响力的绝对支配者，学生会。然而，学生会长桃喰绮罗莉，突然宣言了学生会的解散及总选举。选举的规则是一人一票。全体学生都被给予了登上学园顶点的机会。这是追求混沌与愉悦的绮罗莉一念之下带来的选举战。不止如此，与此同时新的威胁也随之而来。那就是，百喰一族——绮罗莉与梦子也位列其中的人们。蛇喰梦子以及与她有着深厚友情的铃井凉太、早乙女芽亚里、皇伊月这4人，在这次策划的总选举中，即将展开赌上各自信念的战斗。是在弱肉强食的学园中成为“饵食”，还是吃掉其他人成为生态系的“捕食者”。千钧一发的选择会使得内心无比动摇的“究极选举死斗”就此开始！

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!