中情局获得情报，得知他们的特工中出了一个叛徒，准备将中情局布置在东欧的特工名单出卖给外国特工组织。在特工头目吉姆（乔恩•沃伊特JonVoight饰）的策划下，伊森（汤姆•克鲁斯TomCruise饰）所住的一组特工赶往了他们交易的地点。岂料，当他们按计划赶到时，却中了埋伏，一组人中除了伊森和吉姆的妻子克莱尔，其他队员都被杀害。这时，伊森的账户无端端多出了12万美金。伊森成了内鬼的最大的嫌疑犯。无奈之下，伊森只能凭个人之力独闯龙潭虎穴去找出出卖他们的内奸。他和外国间谍组织的接头人麦克斯取得联系后，答应帮麦克斯偷出中情局的间谍名单以交换中情局内鬼的名字。

蕾普莉（西格妮•韦弗SigourneyWeaver饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动。又一场腥风血雨的战斗展开了！

被一个机器人带领的恐怖分子占领了核弹中心，并打算将一枚导弹发射到华盛顿。当权者很希望能够协商处理，而恐怖分子则透露了他们的真正目的。而在核弹中心工作的一个女人、她的孩子和一个修理工决心阻止恐怖分子的计划在火星环绕的通讯卫星站“卫星五号”突遭一艘庞大的外太空采矿船“西伯利亚号”拦腰冲撞，直接迫使“卫星五号”脱离轨道坠向火星。卫星站上的工作人员为了自救，不得不派遣一组人员进入西伯利亚号内部调查，他们惊觉该船引擎已被设定成自动冲向火星表面。就在他们进行解除引擎设定过程中，西伯利亚号上的一具变形生化人突遭启动，开始残杀出现在他面前的每一个人…